Chiến dịch xâm lược Ba Lan

Chỉ có khoảng 12 chiếc Ju 88 được trang bị trong Phi đoàn số 1./KG 25 (1./Kampfgeschwader 25) trong chiến dịch xâm lược Ba Lan của Đức Quốc xã. Phi đội Erprobungskommando 88 (Ekdo 88) có cơ hội để thử nghiệm máy bay, trình độ và kinh nghiệm của kíp lái trong điều kiện chiến tranh. Phi đội này đã tiêu diệt được 25 chiếc xe tăng của Ba Lan.

Chiến dịch xâm lược Na Uy

Luftwaffe đặc biệt quan tâm đến Liên đoàn II./KG 30 (II./Kampfgeschwader 30) khi họ tham gia chiến dịch Weserübung. Chúng được cử để tấn công và bao vây tàu thuyền của Đồng Minh. Vào ngày 9 tháng 4 năm 1940, một tốp Ju 88 thuộc Không đoàn chiến thuật 30 tham gia chung chiến dịch với máy bay ném bom hạng nặng Heinkel He 111, thuộc Không đoàn chiến thuật 26, tấn công HMS Rodney và đánh chìm HMS Gurkha. Kết thúc chiến dịch, Luftwaffe mất 4 chiếc Ju 88 và đó là con số khá nhỏ.

Chiến dịch xâm lược Pháp

Luftwaffe công bố toàn bộ danh sách máy bay tham gia trận đánh nước Pháp - chỉ trừ các phi đoàn Ju 88 thuộc Quân đoàn Không quân số 1 (I. Fliegerkorps). Trong trận đụng độ đầu tiên giữa không quân Đức và Anh, Ju 88 bất ngờ xuất hiện và gây ra thảm họa cho hai phi đoàn 233 và 248 của Anh. Ju 88 tỏ ra rất hiệu quả trong việc ném bom và tiêu diệt các mục tiêu dân sự. Chỉ trong vòng 11 ngày (từ 13 đến 24 tháng 5) Ju 88 thuộc Liên đoàn II./KG 54 đã thực hiện hơn 154 vụ ném bom vào tàu hỏa và tất cả các phi vụ đó đều thành công mỹ mãn, làm rối loạn lực lượng quân đội Pháp và tiêu diệt được một số lượng lớn các mục tiêu dân sự. Vào ngày 17 tháng 6 năm 1940, một phi đội Junkers Ju 88 đánh chìm RMS Lancastria nặng hơn 10.000 tấn, giết chết hơn 5.800 dân thuộc các nước Đồng Minh. Hơn 133 chiếc Ju 88 tham gia chiến dịch Blitzkrieg và lực lượng này với trình độ kỹ thuật cao, điêu luyện và tốc độ kinh hoàng của chiếc máy bay đã phần nào làm chiến dịch thành công. Nhưng chính điều này lại làm cho các phi đoàn máy bay Đức khác tưởng nhầm - không biết máy bay nào là của địch (do tốc độ Ju 88 quá cao) và còn báo cáo lại rằng họ sợ Ju 88 hơn cả sợ quân địch. Sau chiến dịch này, nhận thấy sự thiếu hụt trong các khâu kỹ thuật nên tập đoàn Junkers đã sửa đổi lại chiều dài sải cánh và kết quả chiều dài của sải cánh là 20,08m. Ngay sau đó, họ cho ra đời phiên bản Ju 88 A-5 và thu hồi hết tất cả số Ju 88 A-1 để sửa chữa.

Trận chiến nước Anh

Vào tháng 8 năm 1940, Junkers A-1 và A-5 vừa xuất xưởng đúng lúc trận chiến giữa Anh và Đức Quốc xã đang trong giai đoạn cao trào. Nhưng đây lại là một trận chiến tai hại của Đức Quốc xã. Tốc độ nhanh hơn của Junkers A-1 và A-5 không chứng tỏ được uy lực của mình trên chiến trường như mọi khi mà lại tỏ ra khá bất lực, trong khi đó Heinkel He 111 và Dornier Do 17 cũng tỏ ra khá vô dụng. Chỉ trong vòng 3 tháng, từ tháng 7 đến tháng 10 năm 1940, có hơn 313 chiếc Junkers bị hạ. Do 17 và He 111 cũng mất từ 132-252 chiếc. Đây là đợt biểu diễn tệ hại nhất của không quân Đức. Cả Junkers và He (hai dòng máy bay nổi tiếng của Đức Quốc xã) đều bị mất mát nhiều và không thành công trong việc thả quân tiếp cận đất liền.

Mặt trận phía Đông

Vào mùa hè năm 1941, tất cả đã được Luftwaffe chuẩn bị kỹ càng cho mặt trận phía Đông và đặc biệt là chiến dịch Babarossa. Tất cả các phi đoàn Do 17 và Ju 88 được hợp lại với nhau, bổ trợ xuyên suốt trận chiến. Máy bay ném bom hạng nặng He 111 cũng đã chuẩn bị sẵn sàng và được trang bị thêm một số phụ tùng mới. Trong đó, Ju 88 nắm vai trò chủ lực trong việc đánh bom mở đường cho Do 17 và He 111 tiêu diệt các mục tiêu dân sự và đồn lũy của đối phương. Ngay trận đầu, Ju 88 đã thể hiện được uy lực của mình với việc tấn công 3 sân bay quân sự của Liên Xô ở Pinsk vào buổi sáng ngày 22 tháng 6 năm 1941. Với việc phủ đầu sân bay đối phương, Ju 88 đã tiêu diệt hơn 60 máy bay thả bom của Liên Xô, tàn phá thậm tệ 3 sân bay và làm mất đường tiếp tế của Hồng quân. Ju 88 và Do 17 còn tấn công Trung đoàn ném bom 39 thuộc Sư đoàn Không quân số 10, tiêu diệt hơn 43 chiếc Tupolev SB và 5 chiếc Petlyakov Pe-2. Cùng thời điểm, Ju 88 thuộc Không đoàn Chiến thuật 51 (Kampfgeschwader 51) tổ chức tấn công và tiêu diệt hơn 100 chiếc máy bay của Liên Xô ngay tại sân bay. Cách chỉ huy cứng ngắc của các tướng lĩnh không quân Xô-viết là không phân tán lực lượng đã làm cho Luftwaffe càng dễ dàng hơn trong việc tấn công và tiêu diệt tập thể. Ngoài việc tấn công máy bay Ju 88 còn tiêu diệt cả các đơn vị thiết giáp, một báo cáo từ sư đoàn thiết giáp Liên Xô số 23 cho biết là họ đã bị Ju 88 tiêu diệt hơn 40 chiếc xe tăng. Có khoảng 23 chiếc Ju 88 bị hạ trong ngày đầu tiên của chiến dịch.

Vào ngày 1 tháng 7 năm 1941, Ju 88 cùng He 111 tham gia tiêu diệt hơn 220 xe tải, 40 xe tăng. Ngoài ra, Ju 88 còn ném bom và làm hư hỏng gần như toàn bộ tuyến đường sắt mà nơi nó đi qua tạo điều kiện cho sư đoàn Panzergruppe 1 chiếm các khu vực này một cách dễ dàng.

Tuy nhiên con số thiệt hại của Ju 88 cũng tương đối nhỏ-khoảng 33 chiếc bị hư hỏng. Cụm tập đoàn quân Tây-Bắc bị thiệt hại nhiều máy bay nhất-khoảng 1.542 chiếc. Nhưng con số này đã giảm bớt từ ngày các phi đoàn Ju 88 bắt đầu di chuyển lên mặt trận phía Bắc.

Các tướng lĩnh Luftwaffe cho phép các phi đoàn Ju 88 mở mặt trận trên biển Baltic trong khuôn khổ chiến dịch Estonia. Tất cả máy bay bổ nhào từ Na Uy, Pháp và Anh được rút về Baltic - trong đó có Ju 88. Mới sáng sớm, hơn 3 phi đoàn Ju 88 bổ nhào đã bất ngờ tấn công tàu chiến Karl Marx ở vịnh Loksa Tallinn. Vào ngày 28 tháng 8 năm 1941 còn là một ngày thành công hơn với 2 Không đoàn Ju 88 (KG 77 và KGr 806) với việc tiêu diệt tàu hơi nước Vironia nặng 2.026 tấn, tàu Lucerne nặng 2.317 tấn, tàu Artis Kronvalds nặng 1.423 tấn và tàu phá băng Krisjanis Valdemars (nặng 2.250 tấn). Số tàu còn lại của Liên Xô đều về cảng và lắp ráp nhanh để thành các tàu chiến hạng vừa và nhẹ nhưng số tàu chiến này còn sơ sài về vũ khí và đội ngũ lái tàu còn chưa có kinh nghiệm.

Trong các ngày tiếp theo, Ju 88 tiếp tục tiêu diệt 21 tàu chiến, trong số đó gồm có 5 chiếc hạng nặng và 5 tàu hỗ trợ. Vào ngày 29 tháng 8 năm 1941, Ju 88 tiếp tục tiêu diệt một số lượng lớn tàu bè của Liên Xô gồm tàu vận tải Vtoraya Pyatiletka (nặng 3.974 tấn), Kalpaks (nặng 2.190 tấn) và Leningrad Soviet (nặng 1.270 tấn). Vào buổi tối cùng ngày, Ju 88 còn tiêu diệt thêm 4 tàu chiến nữa (Ivan Papanin, Saule, Kazakhstan và Serpi Molot) làm thiệt mạng hơn 5.000 lính Xô-Viết.